El Cardenal Rafael Merry del Val fue criticado en vida y de diversos modos, principalmente durante el Pontificado de San Pío X, del que fue Secretario de Estado. La calumnia, que no respeta ni a los grandes, extendió la opinión que que junto al Papa Pío X, él era el intransigente, "el retrógrado español", el enemigo de la libertad y del progreso.
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Se tendía entonces también a ensalzar al Papa para menoscabar la figura del Cardenal, del que el humilde Pontífice, según esta opinión mezquina, sería esclavo. Todo ello carecía de fundamento y era completamente falso: el Papa Pío X no sólo era un Santo, era también profundo conocedor del gobierno de la Iglesia (que había recorrido en todos sus grados) y estaba además dotado de grande y sólida cultura, especialmente en Sagrada Escritura. Bien sabido es lo que dijo San Pío X cuando alguien propuso la oportunidad de substituir a Merry del Val. Pío X repuso: «Antes de separarme de Merry del Val es mejor separar mi cuerpo de mi cabeza»
En cuanto a la intransigencia del Cardenal Merry del Val, cuando ésta se refiere a los errores, está claro que no fue un defecto, sino una virtud: junto con San Pío X fue un firme defensor de la integridad Católica frente a los ataques y nuevas doctrinas de los modernistas.
Los pocos dignatarios que tuvieron la dicha de asistir a la muerte del Papa San Pío X, recuerdan aún, cómo cuando el Pontífice había perdido ya el uso de la palabra, pero con la mente despejada todavía, tomó entre sus manos la de su fiel Secretario, estrechándolo y mirándolo largo rato, como dándole cita allá arriba, le encomendó que mantuviera intacta la llama de Cristo, de la Iglesia, de la Verdad.
Si la humildad del Cardenal Merry del Val era grande, no menos lo era su caridad. Asistía a las familias pobres del barrio romano de Trastevere adonde llevaba ayudas sin decir quién era, ayudas materiales y espirituales. Daba todo lo que tenía; todo su patrimonio. Dio sin cesar a los pobres y cuando murió dejó lo que le quedaba a las Misiones, como para llevar a término la que había sido su primera y alta aspiración, la conversión de los infieles, si León XIII no lo hubiera destinado a la Academia y San Pío X a la Secretaría de Estado.
Merry del Val fue guía, espiritual para muchas personas, incluso extranjeras, fue incomparable confesor, creó un círculo muy floreciente entre los obreros de los barrios populares de Roma y siempre se distinguió por la nobleza de su alma y su por su profundad piedad, que se reflejaba de continuo en su carácter bondadoso y mortificado a la vez.
